Desde 2008 ya habían alertado a Calderón 

El llamado “superpolicía” desde su puesto de secretario de Seguridad Pública (SSP) en el gobierno de Felipe Calderón, impulsó una política frontal de combate al narcotráfico que incluía la participación del Ejército, pero por su peculiar forma de actuar siempre estuvo envuelto en la polémica acusado de actos de corrupción.

En 2008, el comandante de la extinta Policía Federal de Caminos, Javier Herrera Valles, envió dos cartas al presidente Felipe Calderón, en las que denunció nexos de García Luna con el crimen organizado y casos graves de corrupción entre los colaboradores más cercanos al exfuncionario.

Ante esto, Herrera Valles fue acusado de tener vínculos con el cártel de Sinaloa, ya que un juez federal lo encontró culpable de delitos contra la salud en su modalidad de fomento y delincuencia organizada.

Sin embargo, tras apelar la sentencia en diversas instancias fue exonerado y recobró su libertad.

Otro actuar de García Luna que causó polémica fue el mostrar a los detenidos ante los medios de comunicación o el uso de testigos protegidos para pretender vincular a activistas.

Este fue el caso del exdirector técnico del Cruz Azul, Rubén Omar Romano, quien fue secuestrado en 2005 y tras el operativo para rescatarlo, los uniformados esperaron la llegada de los medios de comunicación para televisar la liberación del entrenador.