Cuando el Plan B de la Reforma Electoral fue publicado en el Diario Oficial de la Federación, se convirtió en un asunto de los tribunales. Por lo tanto, el Instituto Nacional Electoral (INE), impugnó ante el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF) el artículo transitorio que ordena el cese de funciones del secretario ejecutivo del instituto, Edmundo Jacobo Molina, a quien en 2020 se le designó un nuevo periodo de seis años.
El INE señala que es el Consejo General el que puede destituir a quien ocupe dicho cargo, pues consideran que es la autoridad facultada para nombrarlo con el voto de las dos terceras partes.
Además se argumentó que la Constitución dice que no se pueden expedir leyes privativas, es decir, en contra de una persona específica, incluyendo la disminución del periodo de un secretario ejecutivo.
En este sentido, también presentaron diferentes impugnaciones los coordinadores de la alianza Va por México en la Cámara de diputados, así como los líderes de los partidos PAN, PRI y PRD.
Por su parte, el líder nacional del partido Morena, Mario Delgado, sostiene que defenderán la reforma electoral por todos los medios, políticos y jurídicos. Negó que el Plan B sea inconstitucional o que signifique un riesgo para la democracia; por lo tanto, confía en su aplicación para lograr la austeridad de los órganos electorales.